ツール→外部ツールから以下の画面を表示します。

タイトル：任意
コマンド：autopep8.exeへのフルパス
引数：–in-place –aggressive –aggressive $(ItemPath)

　とします。引数は好みで変えてもいいです。

　あとはツール→autopep8を選択すれば実行されます。必要であればショートカットを設定するといいと思います。